Leczenie zatok można przeprowadzać na kilka sposobności. W pierwsze kolejności stosuje się domowe sposoby.
O ile te nie skutkują sięga się po preparaty z apteki. Te mogą by c tabletkami na zatoki. Używa się też gorące napoje, które posiadają sprzyjać eliminowaniu objawów chorych zatok. W ostatnim czasie w aptekach pojawiły się także preparaty, które umożliwiają płukanie zatok. Preparaty te zwykle umieszczone są w specjalnych pojemnikach, które irygację zatok umożliwiają. Maja one przyczyniać się do ich oczyszczania, a co za tym idzie przyspieszać ichniejszym leczenie.
Jeśli chodzi leczenie zatok, to często odbywa się ono po konsultacji z lekarzem. On na podstawie stopni wyspecjalizowania choroby zatok, dobiera właściwe leki. W wielu przypadkach zleca płukanie zatok, niemniej jednak nie środkami aptecznymi. Jest to płukanie, które organizuje lekarza. Posiada ono na celu oczyszczenie zatok z wydzieliny i tym samym poprawienie ich działania. Takie zabiegi najczęściej proponuje się tym chorym, którzy na zatoki chorują przewlekle i co jakiś czas borykają się z tą dolegliwością. Jeżeli płukanie zatok nie przyniesie szczególnej poprawy, to w wielu przypadkach leczy się zatoki operacyjne. Takie zabiegi jednakże poprzedzają masowe badania. Nie można się gdyż jemu poddać, jeżeli nie spełni się określonych warunków. Operacyjne leczenie zatok jest wyjściem ostatecznym i decydują się na nie jedynie te osoby, które z zapaleniami zatok nie mogą sobie już poradzić, i które wolą się uwolnić od tej dolegliwości. Dlatego rozwiązania takie proponuje się nielicznym pacjentom.